В апреле 1963 г. создана постоянно действующая Курганская комплексная проектно-изыскательская партия Челябинской экспедиции Куйбышевского филиала государственного института по проектированию водохозяйственного и мелиоративного строительства "Гипроводхоз" Государственного комитета Совета Министров РСФСР по водному хозяйству. В марте 1964 г. проектно-изыскательская партия реорганизована в Курганскую комплексную проектно-изыскательскую экспедицию Куйбышевского филиала государственного института по проектированию водохозяйственного и мелиоративного строительства "Гипроводхоз" Государственного производственного комитета по орошаемому земледелию и водному хозяйству РСФСР, с февраля 1966 г. Министерства милиорации и водного хозяйства РСФСР. В августе 1966 г. экспедиция передана в ведение Средневолжского государственного института по проектированию водохозяйственных объектов "Средволгогипроводхоз". С 1970 г. -Курганский филиал института "Средволгогипроводхоз", с мая 1971 г. – Курганский филиал Южно-Уральского государственного проектно-изыскательского института по проектированию водохозяйственных объектов "Южуралгипроводхоз". Приказом Министерства мелиорации и водного хозяйства СССР от 17 сентября 1982 г. N 303 на базе филиала создан Курганский проектно-изыскательский филиал Всесоюзного института "Союзгипроводхоз". С 1990 г. филиал находился в ведении Всесоюзного проектно-изыскательского и научно-исследовательского объединения "Союзводпроект" Министерства мелиорации и водного хозяйства СССР. С 15 января 1991 г. в соответствии с приказом объединения "Союзводпроект" от 17 января 1991 г. N 2 преобразован в Курганский институт "Зауралводпроект" Государственного концерна "Водстрой" Всесоюзного объединения "Союзводпроект".

На основании постановления Администрации города Кургана от 25 июля 1994 г. N 1106.2 и приказа директора института от 26 августа 1994 г. N 33 преобразован в Акционерное общество открытого типа по проектно-изыскательским работам для водохозяйственного строительства "Зауралводпроект". На основании постановления Администрации города Кургана от 15 июля 1996 г. N 1960 АООТ реорганизовано в Открытое акционерное общество "Зауралводпроект".

Основные функции – осуществление инженерно-геологических, инженерно-геодезических, инженерно-гидрометеорологических, мелиоративных, почвенных и других изысканий для всех видов строительства, проектирование объектов гражданского, коммунального, промышленного, водохозяйственного, сельскохозяйственного строительства, гидротехнических сооружений, дорог и мостов и др. видов проектных работ.